VMD

我想分享执行端到端分子动力学模拟所需的代码，这将对原子模拟领域的新手研究人员有用。我专注于在LAMMPS分子动力学模拟器中模拟石墨烯样品的单轴拉伸测试，并且我附加了两个MATLAB脚本来创建LAMMPS的输入文件并从LAMMPS输出文件中提取数据。

2017年夏季或秋季博士职位开放先进的分层材料设计实验室在路易斯安那理工大学分层材料的多尺度建模，重点是纳米复合材料。候选人必须获得机械工程或相关领域的硕士学位，具有扎实的理论和计算力学背景，特别是连续介质力学和有限元建模，并且需要具备编写计算机代码的知识(最好使用C/ c++)。

阿克塞尔·科尔迈耶博士LAMMPS代码开发人员之一，正在费城坦普尔大学组织免费生物分子和纳米材料分子动力学学校(2014年8月18日至22日)。

详细的日程安排在这里

我想和大家分享一下我们最近发表在《应用力学杂志》上的论文:j:。动力机械。81(8)， 081010(2014年6月2日)

摘要

可视化分子动力学(MD)轨迹是非常重要的，因为如果没有适当的可视化工具，分子动力学模拟的许多方面很难识别。MD中的不适当边界条件就是这样一个例子。我使用可视化分子动力学(VMD)来可视化我的MD模拟。我用VMD制作的一些电影如下所示。