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开源软件

  • RSS提要本页评论:crss/node/1394
  • 本页面开始如下讨论由摩加迪莱·古拉扬发起。
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    如果你有一些代码想与机械师分享,在你的博客上写一篇文章,并在这里留下评论,这样我们就可以更新存储库数据万博体育平台库。
    我们相信,经过一段时间,我们可能会在这里建立一个非常权威和有用的代码存储库,因此这篇文章将成为您任何代码需求的一站式商店。

有限元素

  • 一些开源FEM代码的指针
    • 前置和后处理器
      • Gmsh
          三维网格生成器与一些CAD和后处理功能。免费的
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      • 三角形
          一种二维三角形单元网格生成器。免费的
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      • 非线性有限元
        • CalculiX
            线性/非线性现场问题的有限元求解器。免费的
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            nd在这里
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        • Code_Aster
            热力学问题的显式/隐式线性/非线性有限元。网站为法语。可以找到英文简介在这里免费的
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        • 影响
            显式非线性有限元代码。有一个简单的预处理器。免费的
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        • OOFEM
            固体和一些流体和输运问题的线性/非线性有限元。由布拉格的捷克技术大学开发。良好的文档。免费的
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        • 太浩
            来自Sandia的非线性有限元和网格免费软件。免费的
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        • Warp3D
            伊利诺伊大学香槟分校的固体力学非线性有限元。免费的
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        • FEBio通过
            FEBio是一个非线性有限元软件包
            专门用于解决计算生物力学中的问题。一些
            值得注意的特点包括接触、刚体和运动关节的能力,
            非线性各向异性本构模型,主动收缩模拟,
            孔隙弹性,几乎不可压缩材料的元素公式和平行
            线性方程组的解。
        • 线性有限元
          • 埃尔默
              芬兰开发的多物理场有限元软件。免费的
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          • FEMPACK有限元例程
              偏微分方程Matlab例程套件;通过
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          • FETK
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              评级:不评级。
          • OpenFEM
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              评级:不评级。
          • 现钞
              复杂扫描微结构的线性有限元分析工具。
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          • 扩展有限元方法代码通过
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              评级:不评级。
          • 通用计算数学建模
            • FEniCS
                大学、国家实验室和工业界之间的一个联合项目,旨在创建下一代计算框架。包括解算器模块(DOLFIN)、用于变分形式的编译器和优化器(FFCFErari),一个符号有限元引擎(SyFi),以及其他事情。免费的
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            • GetFEM + +
                一个c++ /Matlab库,提供了各种有限元素。GNU公共许可证。免费的。
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            • 功能
                一个c++库,为各种有限元素提供基类。免费的。
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            • 自适应网格优化与误差估计
              • 交易。2
                  自适应有限元分析和误差估计的c++库。免费的
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              常微分方程求解器

              • PSIDE
                  求解线性ode系统的框架。允许并行求解。
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              偏微分方程求解器

              • ELLPACK
                  求解椭圆偏微分方程的框架。并不是真正的开源,需要网站许可
                  250美元/年。
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              • FIPY
                  来自NIST的PDE解决方案框架。
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              • JSIM
                  从Physiome求解偏微分方程的仿真框架。
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              • PDE2D
                  二维PDE求解框架。
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              Meshfree方法

              • 无元素Galerkin Matlab例程
                  一维和二维无元素伽辽金(EFG)仿真的Matlab例程,来自John Dolbow。
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              • Uintah
                  并行c++代码的材料点方法计算从犹他大学。麻省理工学院的许可。可根据要求免费提供。有限的用户文档。
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              开源CFD和耦合代码

              • CoolFluid
                  CFD代码。免费的
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              • FeatFlow
                  求解器库和用户界面的不可压缩纳维-斯托克斯在2D和3D从多特蒙德大学。免费的
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              • GETDP
                  CFD代码。免费的
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              • 多面体
                  CFD代码。免费的
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              • LibMesh
                  有限元库,主要用于CFD应用。免费的
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              • Uintah
                  耦合流固耦合模拟的并行c++代码。对流体使用隐式可压缩欧拉(ICE) CFD代码,对固体使用物质点方法。来自犹他大学。麻省理工学院的许可。可根据要求免费提供。有限的用户文档。
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              微观结构演化

              分子动力学/静力学与量子化学“,

              • 生物分子
                • 琥珀色的
                    斯克里普斯的分子动力学代码。免费的
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                • CHARMM
                    分子动力学代码。免费的
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                • GROMACS
                    分子动力学代码。免费的
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                    评级:不评级。
                • NAMD
                    UIUC的分子动力学代码。免费的
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                    评级:不评级。
                • NWChem
                    来自PNL的分子动力学代码。免费的
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                    评级:不评级。
                • 氧自由基吸收
                    运行经典生物分子模拟的程序。模拟可以在NVE、NPT、NHP和NVT热力学系中进行。GPL免费
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                    评级:不评级。
                • 修改
                    来自WUSTL的分子动力学代码。免费的
                    评论:见评论在这里
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                    评级:不评级。
                • 聚合物,金属,气体
                  • 琥珀色的
                      斯克里普斯的分子动力学代码。免费的
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                  • CAMP开放软件项目(CAMPOS)
                      来自丹麦的分子动力学和原子模拟代码,用Python编写。GPL许可证(免费的).原子模拟工具包括:
                    • 密度函数代码-dacapo
                    • 经典MD和准连续统编码尽快
                    • 线性马芬-锡轨道代码LMTO
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                  • CHARMM
                      分子动力学代码。免费的
                      评论:不可用。
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                  • CP2K
                      分子动力学代码做固体,液体,分子和生物系统的原子和分子模拟。方法包括从从头算密度泛函第一原理到参数化、经典的对和多体势。免费软件
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                  • DL_POLY
                      英国分子动力学代码。免费的
                      评论:不可用。
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                      评级:不评级。
                  • GROMACS
                      分子动力学代码主要设计的生化分子,如蛋白质和脂类,有许多复杂的键相互作用。也可以快速计算非化学键相互作用(通常主导模拟),并可用于非生物系统的研究,例如聚合物。
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                  • LAMMPS
                      来自桑迪亚的分子动力学代码。免费的
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                  • 林纳德
                      惰性气体模拟器。GPL免费
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                  • 分子建模工具包
                      分子模拟应用程序库。除了提供标准算法的现成实现外,MMTK还作为一个代码基础,可以轻松地扩展和修改,以处理分子模拟中的标准和非标准问题。GPL免费
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                  • MOSCITO
                      由经典分子力学力场如AMBER, oppls, CHARMM和GROMOS定义的冷凝相系统的分子动力学模拟。GPL免费
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                      评级:不评级。
                  • NAMD
                      UIUC的分子动力学代码。免费的
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                      评级:不评级。
                  • NWChem
                      来自PNL的分子动力学代码。免费的
                      评论:不可用。
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                      评级:不评级。
                  • ParaDyn
                      来自桑迪亚的分子动力学代码。免费的
                      评论:不可用。
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                  • 修改
                      系列分子动力学代码。免费的
                      评论:不可用。
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                      评级:不评级。

                可视化

                • SCIRun
                    来自犹他大学的科学可视化软件工具包。最先进的体绘制和射线追踪算法。包括许多非常有效的工具。麻省理工学院的许可。
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                  • AtomEye
                      评论:不可用。
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                  • VMD
                      VMD软件?
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                  • RasMol
                      栅格化软件?
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                  • Raster3d
                      软渲染软件?
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                      评级:不评级。
                  • MayaVi
                      一个用Python编写的科学数据可视化工具包。
                      评论:不可用。
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                      评级:不评级。
                  • Gnuplot
                      一个受版权保护,但免费分发的绘图软件。
                      评论:不可用。
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                  线性/非线性代数求解器

                  • PETSC
                      线性代数方程组的并行解算器。免费的
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                      评级:不评级。
                  • 朋友
                      线性代数方程组的并行解算器。免费的
                      评论:不可用。
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                      评级:不评级。
                  • 单人可携带的
                      线性代数方程组的并行解算器。免费的
                      评论:不可用。
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                  其他人

                  • 杂项应用程序代码
                      用于旋转、莫尔圆、可视化、弹性常数计算等;通过
                  • 给快速求解者的一些提示
                  • GNU科学库
                      一个用于一系列数值任务的C/ c++库的集合,对于任何对使用计算机进行科学计算感兴趣的人来说,这是一个必须访问的站点。GSL主页还列出了其他语言的相关包、扩展/应用程序和包装器。
                  • UbuntuScience
                      可以在Linux上运行的软件的全面集合
                  • NIST软件页面
                      除其他外,列出的软件包括用于多区域气流研究、水泥基材料的结构和特性、科学可视化、统计分析、非线性建模、可用数学软件指南(交叉索引)和烟羽建模的软件。
                  • FFTW
                      离散快速傅里叶变换(FFT)的C子程序库基准和便携式,一个选择的计划,fft
                  • Maxima
                      一个用LISP实现的GPL计算机代数系统,可以进行符号和数值计算(以及绘图)。除此之外,代码还可以对张量进行符号操作。
                  • Sage:开源数学软件
                      一个数学和绘图工具,可以在线使用或安装在WINDOWS, MAC和Linux系统上,其中包括到Matlab, Mathematica, Magma等程序的接口,是代数,微积分,初级到非常高级的数论,密码学,数值计算,交换代数,群理论,组合,图论和精确线性代数的研究和教学的开源替代方案。
                  • 免费/商业软件的排名列表

                免费的标签:
                索志刚的照片

                这是一个关于开源有限元代码的旧帖子:开源有限元代码的现状如何?

                简单、快速的结果可视化是科学计算的重要要求。我们使用了一套最先进的可视化工具科学研究所每天都在犹他大学对于中等规模的数据集,选择的工具是SCIRun.SCIRun/BioPSE软件是开源的,最新版本可以从SCIRun下载页面.代码有良好的文档记录,易于使用,接口类似于现在已经不存在的IBM DataExplorer。使用也可以从SCI研究所探索和下载一系列工具http://software.sci.utah.edu/包括我们的代码Uintah。您可以浏览我们的subversion存储库在这里.下载软件需要您在SCI研究所网站注册。如果你对乌干达方面的事情感兴趣,可以联系我。
                你可以观看下面SCIRun生成的视频。

                Arun K. Subramaniyan的照片

                我认为目前的代码列表形式可能很快就会变得难以管理,难以搜索。是否有一种方法可以对代码进行分类(例如像SourceForge)吗?如果我们能简单描述一下这些代码,那将会很有帮助。一旦实现了分类技术,就可以很容易地添加描述。

                Roozbeh Sanaei的照片

                如果你正在寻找一个真正可开发的代码,我建议使用Mathematica包,如IMTEK和ACEFEM,因为它们的代码可读性更强。另一种方法是使用开源而不是开源应用程序。对于有限元素处理。25.2.0 has vast documentation.

                亲爱的Roozbeh,

                我冒昧地让你的帖子看起来更友好。请尽量避免在一句话中大写太多。此外,当句子以大写字母开头,每句话与下句之间用两个空格隔开时,读者的阅读生活会变得更容易。

                Mathematica可能对某些小型应用程序有用。然而,我想到了两个问题:

                1) Mathematica不是免费的。

                2)使用基于Mathematica的包很难运行大问题,并行化是一场噩梦。

                Biswajit

                索志刚的照片

                亲爱的导师、比斯瓦吉特、阿伦:

                非常感谢您让这个页面开始。我擅自将页面标题修改为“开源软件”。(看到这屏幕截图)这个标题是Arun建议的,作为iMechanica右侧“快速指南”中的一个按钮,看起来比“开源审查”更明确。万博manbetx平台

                根据Arun的建议,我把Guru的初稿分成了几类。请随意修改。我认为一个软件出现在两个类别下是很好的。给每个软件加一句话说明它是关于什么的可能是个好主意。如果在iMechanica或其他地方出现了关于某个软件的讨论,我们也可以添加一个“用户论坛”的链接。万博manbetx平台

                我还设立了比斯瓦吉特主持人,这样他也可以编辑页面。

                如果你们中有三个人订阅了本页评论的RSS提要,当其他用户给出关于其他开放源代码的提示或对代码的审查时,你们将得到提醒并可以更新该页。

                大家:请帮助古鲁、阿伦和比斯瓦吉特添加评论。

                索志刚的照片

                我刚刚加了a新渠道“软件”在iMechanica的标题中,并万博manbetx平台将一些旧帖子重新定位到这个频道。看到一个屏幕截图要了解如何将条目发布到频道。

                太浩是由桑迪亚国家实验室开发的非线性有限元代码。该代码包含用于分析各种长度尺度的固体的大量工具。功能包括许多材料模型,内聚区建模,传输数据从许多格式,等等。

                在我看来,输入格式有点过时,尽管它符合一些标准。此外,还需要一个单独的网格生成工具。代码相当容易理解,但如果不手动操作,修改起来可能有点困难。

                你可以看到一些已经在Tahoe实现的模型Doxygen文档页

                [更新:我已经添加了一些更多的链接http://万博manbetx平台m.limpotrade.com/node/938.]

                Roozbeh Sanaei的照片

              • 公共领域的FE项目
              • 网格生成器
              • 菲可视化
              • 公共领域数学软件和其他项目
              • Roozbeh Sanaei的照片

                有用的链接:
                http://homepage.usask.ca/~ijm451/finite/fe_resources/node15.html
                http://www.tecgraf.puc-rio.br/~amiranda/MEF/MEF.html
                http://www.scicomp.uni-erlangen.de/archives/SW/diffequ.htmlhttp://www.sai.msu.su/sal/B/2/
                http://web.ift.uib.no/~jankoc/hfag/femres.txt
                http://www.ann.jussieu.fr/free.htmhttp://www.dmoz.org/Science/Technology/Software_for_Engineering/Finite_Element_Analysishttp://www.indiana.edu/~statmath/bysubject/numerics.html#diffeqhttp://gid.cimne.upc.es/links/index.html

                在这方面有用的论坛:
                http://万博manbetx平台m.limpotrade.com/node/470

                **Tahoe(开源):
                http://tahoe.ca.sandia.gov/
                阿兹特克:(开源):
                http://www.cs.sandia.gov/CRF/aztec1.html
                朋友:http://www.iue.tuwien.ac.at/phd/radi/node31.html
                布鲁克:http://frontier.ams.sunysb.edu/frontiercalc2/PDE_Solver/
                CEMTool:http://www.cemtool.com/
                COMSOL:http://www.comsol.com/
                COOLFLUID:http://coolfluidsrv.vki.ac.be/coolfluid/
                DOPDEES:http://www.ee.washington.edu/faculty/dunham/
                ELLPACK:http://www.cs.purdue.edu/research/cse/pellpack/pellpack.html
                ESYS。ESCIPT: (Open Source):http://iservo.edu.au/esys/
                FETK:http://www.fetk.org/
                FIPY:(开源):http://www.ctcms.nist.gov/fipy/
                FLEXPDE:http://www.pdesolutions.com/
                GETDP:http://www.geuz.org/getdp/
                HAMLAB:http://sts.bwk.tue.nl/hamlab/
                多面体:http://smirnov.mae.wvu.edu/hedra/index.html
                JSIM:http://www.physiome.org/jsim/
                Matlab pde求解器:http://www.mathworks.com/
                NUMERICA:http://www.numeritek.com/
                PDE2D:(开源):http://www.pde2d.com/
                PDESOL:http://www.pdesol.com/
                PETSC:http://www-unix.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/
                PSIDE:http://www.cwi.nl/archive/projects/PSIDE
                背包:http://www.scicomp.uni-erlangen.de/archives/SW/SYISDA.htmlPDEASEDOMAIN:http://www.scientek.com/macsyma/pdmain.htm
                PDESOL:http://www.wias-berlin.de/software/pdelib/
                OPENFEM:http://www-rocq.inria.fr/OpenFEM/

                Roozbeh Sanaei的照片

              • CAMP开放软件项目(CAMPOS)
                类型:分子动力学/力场
                许可证: GPL
                描述CAMPOS项目由几个原子模拟工具和一个用于设置原子计算和可视化的环境组成,用Python编写。目前原子模拟工具包括dacapo(一个密度函数程序),Asap(一组python类),可以用于对包含数百万个原子的系统进行原子模拟,以及线性松饼锡轨道(LMTO)程序。Asap是一个经典分子动力学模拟工具。当前版本支持并行模拟,例如工作站集群。它可以很好地扩展到至少几百个工作站,即使使用100MB/s以太网通信。有效介质理论(EMT)描述了原子间的相互作用力。模块化结构允许其他原子间电位的轻松实现,而不必担心并行编程的微妙之处。Asap包括准连续体(QC)模拟模块。在应力和应变场缓慢变化的空间区域,原子被有代表性的原子网格所取代,导致自由度的数量急剧减少,同时在需要的地方保持原子尺度的分辨率。Asap的QC部分还没有在并行计算机上运行。
              • GROMACS
                类型:分子动力学/力场
                许可证: GPL
                描述GROMACS是一个多功能的程序包,用于执行分子动力学,即模拟具有数亿个粒子的系统的牛顿运动方程。它主要是为蛋白质和脂类等具有许多复杂的成键相互作用的生化分子设计的,但由于GROMACS在计算非成键相互作用(通常在模拟中占主导地位)方面速度极快,许多小组也将其用于非生物系统的研究,例如聚合物。
              • 林纳德
                类型:分子动力学/力场
                许可证: GPL
                描述:惰性气体模拟器。
              • 分子建模工具包
                类型:分子动力学/力场
                许可证: GPL
                描述:分子建模工具包(MMTK)是一个用于分子模拟应用程序的开源程序库。除了提供标准算法的现成实现外,MMTK还作为一个代码基础,可以轻松地扩展和修改,以处理分子模拟中的标准和非标准问题。
              • MOSCITO
                类型:分子动力学/力场
                许可证: GPL
                描述MOSCITO是为经典分子力学力场(如AMBER, oppls, CHARMM和GROMOS)定义的冷凝相系统的分子动力学模拟而设计的。
              • 氧自由基吸收
                类型:分子动力学/力场
                许可证: GPL
                描述ORAC是一个运行经典生物分子模拟的程序。模拟可以在NVE、NPT、NHP和NVT热力学系中进行。
              • CP2K
                类型:分子动力学/力场
                许可证:免费软件
                描述:一个程序包,以做固体,液体,分子和生物系统的原子和分子模拟。方法包括从从头算密度泛函第一原理到参数化、经典的对和多体势。
              • 琥珀色的
                类型:分子动力学/力场
                许可证:专有
                描述:无描述
              • CHARMM
                类型:分子动力学/力场
                许可证:专有
                描述:无描述
              • GROMOS
                类型:分子动力学/力场
                许可证:专有
                描述:无描述
              • Roozbeh Sanaei的照片

              • Yaehmop
                类型:装订紧密
                许可证: GPL
                描述另一种扩展的赫克尔分子轨道包(YAeHMOP)是由格雷格·兰德拉姆在康奈尔大学罗尔德·霍夫曼教授的研究小组当研究生时开发的。YAeHMOP旨在成为一个易于使用、透明、扩展的Huckel计算和可视化包,可以在1、2或3维上对分子和扩展材料进行计算。
              • DensEl
                类型:装订紧密
                许可证:专有
                描述
              • ParaDens
                类型:装订紧密
                许可证:专有
                描述
              • Roozbeh Sanaei的照片

                • 2维数值
                  类型
                  量子化学:哈特里·福克/MP/CC/CI
                  许可证
                  GPL
                  描述:双原子的数值Hartree-Fock程序
                  分子。
                • Ghemical
                  类型
                  量子化学:哈特里·福克/MP/CC/CI
                  许可证
                  GPL
                  描述:分子建模软件包与nice
                  3维可视化工具。
                • MPQC
                  类型
                  量子化学:哈特里·福克/MP/CC/CI
                  许可证
                  GPL
                  描述: MPQC是大规模并行量子化学
                  程序。
                • PyQuante
                  类型
                  量子化学:哈特里·福克/MP/CC/CI
                  许可证
                  GPL
                  描述: PyQuante是一套用于写入量子的程序
                  化学软件。该程序是用Python编程语言编写的,
                  但有许多“速率决定”模块也是用C语言编写的,以提高速度。的
                  生成的代码远不如Jaguar、高斯或game快,但是
                  生成的代码更容易理解和修改。
                • 游戏
                  类型
                  量子化学:哈特里·福克/MP/CC/CI
                  许可证
                  专有的
                  描述
                • GAMESS-UK
                  类型
                  量子化学:哈特里·福克/MP/CC/CI
                  许可证
                  专有的
                  描述
                • 高斯
                  类型:量子
                  化学:Hartree Fock/MP/CC/CI
                  许可证
                  专有的
                  描述
                • 捷豹
                  类型
                  量子化学:哈特里·福克/MP/CC/CI
                  许可证
                  专有的
                  描述
                • MOPAC
                  类型
                  量子化学:哈特里·福克/MP/CC/CI
                  许可证
                  专有的
                  描述
                Roozbeh Sanaei的照片

                • ABINIT
                  类型:密度
                  功能
                  许可证: GPL
                  描述
                • CAMP开放软件项目
                  (CAMPOS)

                  类型:密度泛函
                  许可证
                  GPL
                  描述
                • 章鱼
                  类型
                  密度泛函
                  许可证: GPL
                  描述:章鱼是
                  一个旨在从头开始虚拟实验的程序
                  增加系统类型的范围。其主要特点是:
                  • 电子在密度泛函中被量子力学描述
                    理论(DFT),在进行时间模拟时以其时间依赖形式(TDDFT)进行。
                    原子核被经典地描述为点粒子。
                  • 电子-核相互作用是在赝势中描述的
                    近似。

                • PWSCF
                  类型:密度
                  功能
                  许可证: GPL
                  描述
                • 旋量
                  类型
                  密度泛函
                  许可证: GPL
                  描述: ab
                  initio Spinor项目是一个基于密度泛函的科学编码项目
                  理论(DFT)在从头算伪势框架工作。的代码
                  以双分量的形式实现基本的科恩-沙姆函数
                  旋量。
                • CARPAR
                  类型
                  密度泛函
                  许可证:免费软件
                  描述:
                  Car-Parrinello代码的教程版本
                • CP2K
                  类型
                  密度泛函
                  许可证:免费软件
                  描述

                • DoD-Planewave
                  类型
                  密度泛函
                  许可证:免费软件
                  描述:一个
                  通用可伸缩密度函数代码
                • FHI96MD
                  类型
                  密度泛函
                  许可证:免费软件
                  描述:
                  FHI96MD程序是一种高效的分子动力学模拟程序
                  分子、完美晶体、缺陷的总能量计算,
                  不同材料晶体的表面,界面和位错
                  半导体、简单金属和过渡金属、绝缘体等。这个项目
                  采用密度泛函理论,第一性原理赝势,和一个
                  平面波基集。
                • PWPAW
                  类型
                  密度泛函
                  许可证:免费软件
                  描述:一个
                  投影仪增强波(PAW)代码的电子结构计算。
                  PartII: pwpaw表示平面波基中的周期性固体。电脑物理
                  通讯135,348 -376 (2001)
                Roozbeh Sanaei的照片

                • 范德比尔特超软
                  伪势

                  类型:伪势/ Pseudoprojector
                  发电机
                  许可证: GPL
                  描述: UltraSoft
                  伪势(USPP)生成代码来自戴维范德比尔特的小组
                  罗格斯大学。
                • AtomPAW
                  类型
                  伪势/ Pseudoprojector发电机
                  许可证
                  免费软件
                  描述:一个投影仪增强波(PAW)代码
                  电子结构计算。
                  第一部分:用于生成的原子爪
                  原子中心函数,计算机物理通信135,329 -347
                  (2001)
                • FHI98PP
                  类型
                  伪势/ Pseudoprojector发电机
                  许可证
                  免费软件
                  描述:包装fhi98PP允许一个
                  • 生成哈曼和的范数守恒赝势
                    Troullier-Martins类型,采用局部密度的常见参数化
                    近似和交换的广义梯度近似
                    相关性。
                  • 检查一个人的伪势的可转移性,特别是搜索
                    为它们完全可分离的非物理幽灵状态(克莱曼-拜兰德)
                    表示。

                • 何塞·路易斯·马丁的
                  伪势代码

                  类型:伪势/ Pseudoprojector
                  发电机
                  许可证:免费软件
                  描述:不
                  描述
                Roozbeh Sanaei的照片

                使用开源程序需要花费大量时间。选择一个好的开源程序是非常重要的。但是我没有找到任何可靠的开源程序排名。根据引用和可用性,我找到了通用程序DEAL。II、ALBERT、GROMACS和PETSC优于其他。但对于一个特殊的目的,显然一个程序可以是伟大的。

                例如,上文提到的Sandia的TAHOE具有用于非线性模型和原子连续介质桥接的出色工具。但它不是好的选择,例如在电磁学!OPENFOAM非常适合模拟超空泡现象。有没有人有关于使用GROMACS模拟QM/MM的信息?

                Roozbeh,

                我从你的评论中删去了一些大写字母。请尽量避免在将来,因为太多的大写字母使评论难以阅读。

                你的软件清单令人印象深刻。特定软件的排名取决于它的特定用途。通用软件比非常专业的软件对更大的人群有用。我会把它们排得更高。易用性和修改性也应该在软件排名中发挥作用。

                在这个阶段,你可以提供帮助的一个方法是给出你列出的软件的一些细节。你可以限制自己使用那些你实际使用过的,并且知道它们的优点和缺点。你也可以自己排序,然后我们可以把它们列在主页上。

                Biswajit

                索志刚的照片

                Roozbeh列出的大量开源软件似乎提出了一个问题:iMechanica应该定期审查软件吗?万博manbetx平台

                一种可能的操作模式可以类似于jClub.一些热心的用户组成一个委员会,然后邀请其他人对软件进行评审。比如说,每个月,一个人选择一个主题,或者只是一个软件,写出他对这个软件的了解。这个软件是做什么的?还有哪些软件是竞争对手?谁是开发者?只要对机械师有用,软件可以是开源的,也可以是闭源的。万博体育平台这篇评论可能会被放在本月频道“软件”的顶部,甚至可能在第一周被放在头版的顶部。

                其他有经验的用户可以添加他们使用该软件的经验,或者提出问题。单个软件可能有自己的网站和在线社区。iMech万博manbetx平台anica所能提供的是指向该社区的指针,以及各种类似软件包的比较。

                这对iMechanica有用吗?万博manbetx平台

                摩加迪莱·古拉扬的照片

                亲爱的索教授:

                我认为这是一个好主意,原因如下。

                1. 首先是附加价值——有如此多的代码,最终用户希望知道自己想要使用哪一个,而无需进行反复试验;
                2. 其次,一个有经验的用户,一个简短的例子,可以使使用软件的过程更容易-例如,一个示例代码如何FFTW可以被使用和/或优化求解偏偏方程,这将使初学者更容易-我通过查看这样的模板代码学习,并根据我的目的修改它。效果很好!而且,
                3. 第三(尽管不是主要的好处),如果使用来自不同研究领域的例子问题,这样的评论也可以帮助用户获得经验——因此,iMechanica将作为一个论坛,使用软件作为工具来教授彼此的部分机制。万博manbetx平台

                我还可以看到,在某些情况下,它可能会导致合作,和/或现有软件的改进——至少,它至少会让用户意识到可能潜伏在黑盒子后面的任何问题或灰色区域。因此,我猜一个nClub(数值俱乐部)将是非常受欢迎的!

                Arun K. Subramaniyan的照片

                亲爱的索教授:

                我还认为在类似JClub的论坛上评论软件是一个非常好的主意。这当然是iMechanica的一个非常独特的补充。万博manbetx平台我也喜欢Guru关于一个合适的标题(nClub)的建议。

                中国,

                作为一个主要对计算力学感兴趣的人
                在商业软件行业工作,我欢迎更多
                软件讨论。我不太确定这应该是什么形式
                然而,如何鼓励它呢?

                可以想象,要写一篇广泛的“评论”是极其困难的
                一个通用的分析包。这将变得更加困难,如果
                涉及到多个代码;作者必须是一个
                精通所有包装。这类评论通常会退化为
                一种消费者报告式的复选框格式,但我不这么认为
                特别有用。

                对我来说更有用的是那些关注用户的文章
                对一个特定问题或一小类问题的经验。
                其中一个来源可能是学生项目
                来自高级FEA或应用力学课程。可能是
                让学生有机会与更大的导师分享一些有用的见解
                观众。一般来说,这些用户可能不是软件的“专家”
                但是,当他们完成项目时,他们可能已经成为专家了
                在软件的特定领域。

                我没有那么仔细地遵循jClub过程,但我可以想象
                类似的东西在这里也适用。也许感兴趣的作者可以
                提交摘要,其中一个将选择每月为
                专题文章。我觉得有必要进行一些编辑控制
                为了留住商业开发者(比如我)微笑)把这些文章变成
                几乎不加掩饰地广告。

                比尔

                我已经在开源软件页面中添加了专家意见和评级的链接。请添加评价您所使用的软件的评论。目前允许的最大笑脸符号数量是5个。我会平均你的评分,并在主页上发布四舍五入的笑脸符号。

                Roozbeh Sanaei的照片

                我认为大多数关于软件的信息和细节都可以在它的目录中找到
                web页面。

                当然,一个有经验的用户,用一个简短的例子或简短的评论就可以
                使软件的使用过程更容易。但我认为最主要的
                研究人员面临的困难是找到适合特定用途的软件。
                例如,DEAL的主要优点和缺点是什么?II关于阿尔伯特。
                这两种方法都是为应用自适应有限元法求解偏微分方程而开发的。
                但他们中谁更适合做一项特殊的工作呢?有时,使用合适的
                软件使具体的任务做起来更加简单。它认为分类
                现有的软件是一个很好的方式来帮助调查人员这样做。在
                此外,在提供关于软件的信息的情况下,必须在
                分类方法。关于开放源码软件的问题和答案在
                互联网非常流行,只是针对一个特殊的问题找到一个特定的答案
                有些时候比试错更难。因为这些信息是未排序的。
                这个问题可以通过对用户的答案和问题进行排序来处理。谈我
                我认为这是个好主意。但是信息分类是非常非常重要的
                重要。

                几周前,志刚让我对软件评审俱乐部的想法发表评论。我想讲的大部分内容已经被zhiigang、Guru和Bill讨论过了。这个想法很好,而且很容易实施。比尔担心论坛会变成广告空间。我认为,由于这是一个双向论坛,而且不止一个人可能会评论他们使用某个软件的经验,这种滥用的影响将是很小的。毕竟,我们都想为我们喜欢的东西做广告——这是论坛的重点。我建议Guru/Arun/Bill/Rozzbeh决定软件俱乐部的第一期,由Guru担任负责的主持人(毕竟这个想法是从他的倡议演变而来的)。与其在一篇文章中讨论软件的所有方面,我们应该按照Bill的建议,一次讨论一个特定的主题。

                就我个人而言,我更感兴趣的是看到开源软件取代商业软件(比如Abaqus)所扮演的角色。这就需要一些关键的开发者做出大量的承诺,让他们能够掌控大局并继续努力。这些开发人员必须是在专家指导下的研究生。教授和其他高级研究人员可能有太多其他事情要做,无法投入所需的时间。然而,他们可以通过iMechanica等平台提供专业知识。万博manbetx平台

                我认为Tahoe软件可以成为商业FE代码的开源替代品。然而,我不确定他们所遵循的许可模式的细节,以及需要做些什么才能使其符合GPL。我希望在iMechanica上看到更多关于如何实现开源目标的讨论。万博manbetx平台

                Biswajit

                Biswajit,

                和你一样,我一直希望看到一个更加活跃的开源机制软件社区。如果i万博manbetx平台Mechanica能帮助实现这一目标,那就太好了。

                我想多听听你在太浩的经历。在第一次从之前的帖子中了解到它之后,我去了他们的网站去了解更多。我开始寻找常见问题解答;我找不到这样的东西。《太浩用户指南》已经有四年历史了。我假设doxygen生成的文档是最新的,但这肯定不是开始使用新软件的最直接的方式。我最终设法下载了代码,但没有找到任何形式的介绍。

                你对如何开始使用这个套装有什么建议吗?

                关于这个项目的组织,你能提供更多的信息吗?Sandia/DOE仍然积极支持它吗?

                谢谢。

                比尔

                嗨,比尔,

                我是桑迪亚塔霍湖的管理员之一。该代码没有用户指南或全面的常见问题解答,这对于想要开始使用该代码的人来说是一个很大的障碍。Tahoe不是官方的Sandia/DOE代码,因为没有专门用于维护或开发的资金。这是帕特里克·克莱因(Patric Klein)的一项爱的劳动,他是前桑迪安人,许多像我这样的人在他们的研究中采用了它。我们中的一些人和帕特里克仍然在业余时间维护它,并在我们的工作中开发它。首先,我建议您从sourceforge下载开源版本,并下载一个xml阅读器,例如example。用户指南虽然已经有4年的历史了,但也很有帮助,因为它让您了解了开源版本中可用的元素、材料和求解器。输入文件的格式已经发生了根本性的变化,但是基准目录中有更新的基准测试,可以帮助您入门。xml输入文件在参数选择方面是不言自明的。如果你还有其他问题,可以发电子邮件tahoe-help@sandia.gov或在Tahoe论坛上发帖。谢谢。

                Vicky阮

                维姬,

                非常感谢您的回复。在iMechanica上有一个Tahoe的开发者真是太棒了。万博manbetx平台

                我按照你的建议下载了代码并仔细阅读了手册。我花了一些时间查看代码,但一直无法回答一个相当基本的问题。我希望你能给我指出正确的方向。我会把这个问题发布到Tahoe论坛上,但我认为其他机械师可能也有兴趣知道答案。万博体育平台

                问题来了。从手册和代码来看,太浩支持固体和传热问题。但我不清楚它能多容易地支持更一般的节点自由度。例如,假设我想为耦合的弹性、热和电学行为(即节点上的位移、温度和电势)添加一个元素。这可能吗?你能给我简单介绍一下这些步骤吗?我找到了这个方法:BasicFieldT::Initialize(),它似乎与这个问题有关,但找不到该方法被调用的位置。

                一个相关的问题与旋转自由度有关。Tahoe支持这些吗?当我查看elements目录时,我没有看到任何梁或板元素。基本上,我想知道添加这些类型的元素有多难。

                再次感谢你的帮助。

                比尔

                嗨,比尔,

                Tahoe确实支持耦合问题的一般自由度,在开发人员的版本中有一些这样的例子,而不是在sourceforge上可用的开源版本中。你是想实现一个全耦合问题,即热弹性问题,其中你有一个具有大刚度矩阵的整体解决阶段,还是你想实现一个具有交错解决方案的弱耦合系统?这两种情况的实现都有很大不同。假设您喜欢执行前一种完全耦合的情况,Tahoe允许您在.xml输入文件的“nodes”标记下指定任意数量的节点自由度。类FieldT管理初始条件和节点边界条件(即位移,节点力)为您定义的节点dof和处理元素类和求解器类(即积分器)之间的接口。它以成员数据的形式存储节点值的数组及其当前和前一个时间步长的一阶导数和二阶导数。连续元素类都派生自ContinuumElementT,它处理从全局排序到节点dfs (SetLocalArrays)的局部元素排序的映射,以及形状函数的初始化(SetGlobalShape)。元素类将节点dof的内插积分点值传递给材料类,以便您可以计算本构关系,例如应力或热通量。

                我希望这能有所帮助。

                维姬

                Roozbeh Sanaei的照片

                交易。2is a C++ program library targeted at adaptive finite
                元素和误差估计。它使用了最先进的编程技术
                的c++编程语言,为您提供一个现代化的复杂界面
                自适应所需的数据结构和算法,并使您能够使用
                在一维、二维和三维空间维度上的各种有限元素,以及
                时间的问题。

                交易的主要目的。2is to enable development of modern
                有限元算法,在其他方面使用复杂的误差
                估计器和自适应网格。编写这样的程序不是一项简单的任务,而且
                成功的程序往往变得非常庞大和复杂。因此我们相信
                这最好使用释放应用程序的程序库来完成
                程序员从网格处理和细化、度处理等方面入手
                自由,输入网格和输出图形格式的结果,以及
                喜欢的。此外,还以某种方式同时支持多个空间维度
                这样程序就可以独立于空间维度而编写
                对运行时和内存消耗的不合理惩罚。

                你好,

                我认为可以执行两个测试来确保库足够通用:

                1) unity enrichment, XFEM, GFEM, PUM, PUFEM的代码划分…

                2)代码无网格方法

                对这些守则在这方面的可能性有何评论?根据经验,这对任何库来说都不是小事。

                Stephane Bordas博士

                http://people.civil.gla.ac.uk/~bordas

                biplab的照片

                几个月前,关于可用的FEM库,我也有同样的问题。我快速浏览了一下Deal-II功能集。到目前为止,似乎还没有人在XFEM中使用过Deal-II。如果我说错了,请指正。

                你可以从下面的链接中找到Deal-II不能做的比较。

                http://home.gna.org/getfem/getfem_faq.html

                我没有任何测试结果来证明他们的说法。但是可以肯定的是,一个人可以用GetFem++写一个XFEM程序(尽管我张贴了一些关于他们的负面意见)。他们还提供了分析XFEM问题的示例代码。

                对于无网格方法也是如此。微笑

                Roozbeh Sanaei的照片

                阿尔伯塔省是一个
                一个daptive多l水平有限元工具箱使用
                B分离、细化和E误差控制Residual
                T科学技术一个应用价值。其设计是基于
                适当的数据结构,包括几何、有限元和代数
                信息。使用这种数据结构,抽象自适应方法
                静止和时间相关的问题,装配工具的离散系统,和
                依赖于维度的任务,如网格修改,可以在库中提供。
                这允许通用类的独立于维度的开发和编程
                的应用程序。在阿尔伯塔省,分层二维网格和三维网格
                存储在二叉树中。几组有限单元可以用在同一上
                网格,要么使用预定义的,或通过添加新的集为特殊
                应用程序。取决于目前使用的有限元空间,所有的程度
                在网格修改过程中自动管理自由度。

                Roozbeh Sanaei的照片

                我在安装上遇到一些问题在我的电脑上。我怎么安装它?在FEDORA 6.0!?

                不幸的是,在功能和维护方面,开源FE代码在大多数情况下无法与商业代码相比。原因很容易理解:这些项目通常只涉及少数人,当他们转向其他商业利益时,项目就会停滞。然而也有一些例外:OpenFOAM似乎是一个CFD建模(我没有这段代码的经验)和固体力学的Code_Aster。Code_Aster是由法国电力公司EDF开发的。他们使用Code_Aster来满足热机械建模方面的内部需求。考虑到他们相当大的用户社区(仅EDF就有超过100个FE用户)和他们用于这个项目的资源(可能至少有几十个开发人员定期为它工作),CODE_ASTER成为一个非常强大的工具就不足为奇了。能力非常大(热分析,力学分析,动态分析,断裂力学,…)。代码可以从SALOME, I-DEAS和GMSH导入网格。结果可以以相同的格式保存。我有10年的结构力学经验,主要是ABAQUS,但我也使用过NASTRAN, RADIOSS和SAMCEF。 I have used CODE_ASTER for substructuring (Super elements) and thermal simulation of welding. In my opinion, there is no real difference between CODE_ASTER and ABAQUS. ABAQUS seems to be better suited for non linear anlyses (contact) but CODE_ASTER has its adavantage (substructuring is far better than in ABAQUS). I would thus recommend CODE_ASTER for people wanting a free, capable, reliable FE software able to perform industrial-like simulations. Documentation is very good, unfortunately in french (but an english translation seems to have begun).

                评级微笑微笑微笑微笑微笑

                我已经在CalculiX上工作了几年了
                负责Windows端口。既然我有这种偏见,我就不会这么做
                包括一个评级和玷污你的投票结果。

                我选择使用calcullix的原因是求解器和相关的
                工具正在积极开发中,有完整的文档(英文),并有一个论坛
                寻求支持。它还有一个umat界面和一个Abaqus用户都熟悉的输入甲板格式。

                主要网站:http://www.calculix.de

                Windows端口:http://bConverged.com/calculix

                论坛:http://groups.yahoo.com/group/calculix

                供参考:calcullix可能应该被分类
                作为非线性有限元的应用。

                我想知道是否有固结过程位移-孔隙水压力耦合分析的三维有限元程序,固相可以是线性或非线性的,流体可以是线性或非线性的…
                非常感谢!

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                你可以使用COMSOL (http://www.comsol.com/)来模拟流固相互作用。我用COMSOL软件分析了固体作动器驱动的微流体泵。还有另一种软件,CFD-ACE。但是,我的同事更喜欢COMSOL。我希望这些信息对你有用。

                Seungtae

                Tochnog程序(from sourceforege)特别适合于加固和岩土工程工作。它有点老了,不再受支持,仍然编译正常。作者选择在商业上支持它。

                HTH

                奥斯曼

                Roozbeh Sanaei的照片

                我所见过的大多数FEM包,无论是开源的还是非开源的,都是基于有限元方法的物理方面。解释材料的应力-应变关系。我认为在实践中,有限元的数学观点更有趣。因为它在定义元素时的通用性依赖于我们想要求解的偏微分方程。以及它在定义ERROR和细化网格方面的清晰度。以及它与其他数学方法的可比性。我从未见过基于数学观点的商业有限元包。当然,COMSOL和FEMLAB可以是这样的例子,但它们的通用PDE非常有限。交易。2而且 ALBERT of examples of opensource programs in this aspect. as their citation shows many users have used them by now and their bugs may be few. some examples of their usage which must of them are mechanical exists in their site and shows their applicablity in our way. its not bad to take a glance at them and use them in finite element projects. their expansion would result to more general finite element package we need in future.

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                正如你所解释的,数学观点是一个很好的方面。但是这些开源包中的一些是如此的神秘,这引发了一个关于他们的目标的问题。

                我的研究领域是xFEM。在过去的几个月里,我一直忍受着这样一个包裹。我从GetFem+开始。这就是我所面对的可怕经历。

                1)最初它的示例是导出垃圾vtk输出文件(这是不被MayaVi或VisIt识别)。后来我发现我应该用ASCII文本导出VTK文件。

                2)文件不足。我应该说这是最低限度的。

                3) GetFem++库使用了糟糕的命名方案。例如,为了指定边界条件,类名以mdbrick_开头。

                4)源代码注释很少。最重要的是,它使用了大量的模板。这使得代码非常难以阅读。

                例如,下面的代码可以编译。但如果这样的代码出现在超过100个文件中,就很难理解发生了什么。

                # include < iostream >

                int main(){cout<<"Hello World"<

                我对编程有一定的了解。但到目前为止,我还不知道如何用它来编写一个基本的xfem分析程序。

                一个没有适当文档的开源源代码和一个封闭的源代码一样好。因此,即使像我这样的普通用户希望利用他们的善良,并通过扩展它来贡献自己的力量,仍然有许多障碍需要跨越。

                在我看来,如果这些软件包牺牲了一点软件工程方面的内容,并且更加用户友好,我们可能会看到一些好的软件包出现。否则,它们仍将是孤立的组合,就像现在一样。

                N.苏库马尔的照片

                是的,我能理解你。在c++中,人们可能会被太多的“模板化”和/或使其非常一般化(本构律的微分形式和双线性形式等)。这样的需求可能是不必要的,即使它在数学上是美学和优雅的。通常,如果包只关注几个特定的目标,那么就更容易满足可读性、速度和用户友好性的要求。也就是说,如果一个库确实提供了X和Y功能,那么它可能无法满足那些也不想要Z_1, Z_2,…的人的需求和/或期望。, Z_n。总的来说,线性求解器是一个很好的开源库的例子,它是成熟的,被许多人使用;它们提供的服务只有一个(为不同形式的A求解Ax = b)。从开源fem代码中期望这样是有点不合理的。为了学习、理解(优点和缺点)以及欣赏任何计算模型的微妙之处,没有什么可以代替自己编写相同的关键成分。

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                谢谢你的回复。

                我完全同意你的观点,没有什么可以代替我自己编写这些东西。我打算在熟悉xfem分析程序后做同样的事情。

                目前,我正在使用Dr。Stephane bordahttp://www.civil.gla.ac.uk/~bordas/codes/xfemMatlab/xfemMatlabCode.rar).这件事让我很好地了解了如何进行。

                但是我在编写自己的程序时,很少有与输入/输出格式相关的查询。

                1)你建议我在我的程序中使用哪种输入格式,以便我可以从商业FEA包中提取网格和其他相关信息?我可以访问ANSYS和ABAQUS。

                2)您推荐哪种输出格式?在GetFem+样例程序测试过程中,我遇到了VTK和OpenDX格式的文件。我了解到VTK文件格式不支持单个文件中的多个网格。OpenDX文件可以解决这个问题。请张贴,如果你知道任何可供选择的文件格式。

                提前谢谢你。

                Biplab

                嗨!

                感谢您使用我们的代码。Nguyen Vinh Phu是这个matlab代码的作者。我们还为任何问题开发了一个开放源代码的XFEM代码,我们计划将其引入OOFEM,但我们需要有人帮助我们。如果有人对此感兴趣,我很高兴能将OpenXFEM+引入OOFEM,我认为这对社区来说将是很好的一步。

                我建议在pre和post-pro使用gmsh,这是一个非常好的工具。

                祝你格拉斯哥一切顺利,

                史蒂芬

                PS:我有三篇断裂力学的博士论文。

                Stephane Bordas博士

                http://people.civil.gla.ac.uk/~bordas

                biplab的照片

                非常感谢您的回复和建议。微笑

                我查阅了OpenXFEM的文档以及嵌入其中的代码。代码是相当可读的,感谢您这样做。

                但是有没有通过一些开源软件发布平台发布的计划??比如使用SourceForge。Net或Berlios(总部设在德国)。这将帮助其他成员为项目贡献代码。

                尽管我对柏辽斯有些不满。我是Code::Blocks(一种开源跨平台IDE)的活跃开发者。我们使用Berlios作为我们的代码发布平台。非欧盟开发者(比如我)通常无法访问它。

                我希望能对你的项目有所贡献。如果我在未来的开发中使用OpenXFEM+,我肯定会发布改进。微笑

                谢谢,

                Biplab

                http://biplab.in

                嗨Biplab,

                很高兴看到你的兴趣。OpenXFEM++还没有以开源术语发布,但这是我们的下一步。我们也在尝试将它与OOFEM结合,然后,也许它可以以那种方式发布。我的问题是,我不知道有多少人会有兴趣贡献,并且认为以这种方式发布这样一个“简单”的代码没有多大意义。然而,我不知道这是不是真的。我可以使用很多帮助来进一步开发代码(例如,使其更高效和并行)。

                谢谢你的建议,我们继续吧,斯特凡。Bordas @ gmail。com

                Stephane Bordas博士

                http://people.civil.gla.ac.uk/~bordas

                Dan Cojocaru的照片

                :-)为开源项目工作的人通常对他们的工作充满热情,但是
                ...如果没有必要,程序员/开发人员不喜欢编写代码文档。

                我认为这是一个规则,开放源代码最好是自动生成的文档。

                biplab的照片

                谢谢你的回复。微笑

                我非常同意你对开源开发者的这种趋势的看法。我并不责怪他们,因为他们中的大多数人经常在空闲时间开发它,对他们大多数人来说,重要的是代码。但是它们中的大多数在命名变量和不同的类时遵循一定的规则,以便其他成员能够破译代码。

                我给出了一个不同寻常的GetFem++类名的例子。老实说,我很欣赏他们的努力工作。但我要求他们让代码更易于阅读。

                PS:我确实在开源开发方面做出了积极的贡献。我是一个开源跨平台IDE(代码::Blocks,http://forums.codeblocks.org/index.php/board,20.0.html

                你好,

                我想建议搅拌机作为绘图工具,TetGen作为一个网格生成器,和ParaView作为一个可视化工具。在用Blender定义几何图形后,有人可能会使用Python脚本:tetgen_export.py生成TetGen的输入文件。此外,对于c++开发人员,有些人可以使用中提供的库MechSys为了,或编写他/她自己的有限元程序或使用三维土壤-水非饱和耦合有限元程序,也可在该网站。

                的问候。

                我在本页上看到了一些关于Matlab、FORTRAN和c++的讨论。也许你会原谅我的开源Matlab有限元工具包,SOFEA。我希望你能去看看http://hogwarts.ucsd.edu/~pkrysl/sofea).

                欢呼,

                切赫

                你好,

                谁有什么开源软件可以用于桥梁工程的想法?

                令人满意的是,该程序在分期分析方面有一些不错的功能;采用接触单元模拟间隙/挂钩/滑动行为;预应力混凝土等。

                如果它也有脚本功能(比如ABAQUS使用Python, ANSYS使用APDL来编写命令流),那就太棒了。

                谢谢!

                Fangyin

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