程竹博客

这是我和楼继忠的一篇论文，发表在《生物物理杂志》上。

摘要在选择配体相互作用和其他系统中，已经观察到捕获键的寿命因力而延长。已经提出了几种生物物理模型来解释这种反直觉的现象，但没有一个是基于相互作用分子的结构和结合界面上的非共价相互作用。在这里，我们使用分子动力学模拟来研究p -选择素与p -选择素糖蛋白配体-1强制解耦过程中结构和原子水平相互作用的变化。根据这些观察，建立了一个捕获键的机制模型。在该模型中，“捕获”是由于强制打开一个域间铰链，该铰链使绑定界面倾斜，以允许接触的两侧相互滑动。滑动促进形成新的相互作用，甚至重新结合到原来的状态，从而减缓解离和延长键寿命。利用伪原子表示和蒙特卡罗模拟探讨了这种滑动-重结合机制的性质。该模型具有拟合实验数据的能力，并且可以与先前提出的双途径模型相关。

我们知道——或者相信——蛋白质的功能是由结构决定的。晶体学和核磁共振研究可以提供平衡状态下原子水平的蛋白质结构细节。MD模拟可以在没有或存在偏倚机制(例如，用于诱导这种变化的施加力)的情况下，以fs时间分辨率跟踪蛋白质构象的变化。