自2006年12月起，高性能计算研究所建立了由生物物理学、固体力学和流体力学等领域的研究人员组成的生物物理学研究团队，启动了“计算癌症力学”项目。该项目的关键是使用计算建模来回答有关癌症机制的基本研究问题。研究团队将专注于三个子课题:机械转导、转移和肿瘤发生。
子顺:很有意思。你能指出关于这个主题的具体参考资料吗?
亲爱的志刚:谢谢。
在这个项目中，我们将利用计算力学技术来研究机械转导、转移和肿瘤发生的主题。从力学的角度，我们将重点研究:应激下整合素受体的动力学，目的是利用分子动力学(MD)模拟研究整合素受体在压力下的动力学和构象变化及其与脂质双层膜的相互作用;聚焦黏附在脂膜上的聚类，目的是研究脂膜与整合素的相互作用，并通过MD粗粒度(CG)模型建立模拟模型，以确定生物分子系统(细胞)的力学过程和行为;细胞外渗过程中的变形。
遗憾的是，我们没有在这个项目上发表论文。
亲爱的Zishun,
在你的分子动力学模拟中，整合素-胶原蛋白和整合素-明胶的相互作用规律是什么?
谢谢。
亲爱的亨利,在我们的MD模拟中，分子由不同共价键(如氢键)连接的详细原子结构表示。原子间相互作用用范德华势函数表示，如L-J势。
Zishun,
需要多少原子和多少分子动力学步骤来模拟典型的癌症相关过程，如机械转导、转移和肿瘤发生?
亲爱的亨利,在我们的模型中，脂质双分子层的一个计算细胞(或元件)，如DPPC，包括几百个DPPC分子和几千个TIP4水分子。一个计算单元的原子总数大约几十万。时间步长约为1~ 2fs。Zishun
这些大规模的模拟需要并行计算吗?
评论
有关于癌症机制的参考文献吗?
子顺:很有意思。你能指出关于这个主题的具体参考资料吗?
亲爱的志刚:谢谢。
亲爱的志刚:谢谢。
在这个项目中，我们将利用计算力学技术来研究机械转导、转移和肿瘤发生的主题。从力学的角度，我们将重点研究:应激下整合素受体的动力学，目的是利用分子动力学(MD)模拟研究整合素受体在压力下的动力学和构象变化及其与脂质双层膜的相互作用;聚焦黏附在脂膜上的聚类，目的是研究脂膜与整合素的相互作用，并通过MD粗粒度(CG)模型建立模拟模型，以确定生物分子系统(细胞)的力学过程和行为;细胞外渗过程中的变形。
遗憾的是，我们没有在这个项目上发表论文。
互动法
亲爱的Zishun,
在你的分子动力学模拟中，整合素-胶原蛋白和整合素-明胶的相互作用规律是什么?
谢谢。
回复:相互作用定律
亲爱的亨利,
在我们的MD模拟中，分子由不同共价键(如氢键)连接的详细原子结构表示。原子间相互作用用范德华势函数表示，如L-J势。
需要多少原子和分子动力学步骤?
Zishun,
需要多少原子和多少分子动力学步骤来模拟典型的癌症相关过程，如机械转导、转移和肿瘤发生?
回答你的问题
亲爱的亨利,
在我们的模型中，脂质双分子层的一个计算细胞(或元件)，如DPPC，包括几百个DPPC分子和几千个TIP4水分子。一个计算单元的原子总数大约几十万。时间步长约为1~ 2fs。
Zishun
并行计算
这些大规模的模拟需要并行计算吗?