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关于数字化和数字编辑

最近我观察到,如果我几个月没有执行例行任务,我往往会忘记过程中需要的步骤。我必须重新学习这个过程,这是浪费时间。这篇博文的目的是提供一个提示列表,供我使用,也可以用于其他Linux用户。我喜欢免费软件。这个列表上的大多数软件都可以从SourceForge或其他类似的地方下载。

我的工作涉及许多数字代码的验证。因为我不做实验,所以我必须从已发表的资料中获取实验数据。这通常涉及到二维图形的数字化。在这篇文章中,我将列出我在整个过程中使用的步骤。在下一篇文章中,我将讨论版本控制和我使用subversion的经验。

  • 扫描图

    这个过程的第一步是创建或定位一个包含感兴趣的图的PDF文件。如果图表来自最近发表的论文,那么我通常可以从我的图书馆得到一个无失真的PDF版本。另外,由于电子革命,我从Interlibrary Loan请求的大部分论文都是PDF格式的,没有太多失真。如果我的论文是纸质的,我会用办公室旁边的复印机扫描PDF格式的论文。如果文件是PostScript格式,那么我使用epstopdf将其转换为PDF格式。

  • 抓住情节

    下一步是从PDF文件中获取感兴趣的图。我使用ImageMagick为了这个过程。使用apt-get过程(或其他发行版上的一些类似方法)可以很容易地在Debian上安装ImageMagick。将调用ImageMagick的主可执行文件显示.当你奔跑显示一个包含ImageMagick徽标的屏幕弹出,并带有一个FileSection小部件。这个小部件底部的一个按钮说抓住.点击那个。你会得到一个对话框,要求一个时间延迟,并有另一个时间延迟抓住按钮。将PDF移动到感兴趣的情节不模糊的位置,然后单击抓住.将光标移动到绘图上,单击左侧挂载按钮,并拖动鼠标,直到框中包含感兴趣的区域。然后放开鼠标按钮。您的选择将显示在ImageMagick窗口中。单击图像内的鼠标左键以获得Command按钮。单击File->Save并将图像保存为JPEG格式,不进行压缩。现在你有了想要数字化的情节。把程序写下来比实际操作要花更长的时间。

  • 数字化的情节

    我使用Engauge去做我的数字化。你所要做的就是下载Engauge并将其安装在你的主目录下。可执行文件被称为数字化仪.那就安排好你的道路数字化仪可以找到。接下来,运行数字化仪你会看到一个灰色的窗口,上面有一些按钮和图标。单击File->Import。您将得到一个FileChooser对话框。选择包含绘图的JPEG文件。数字化仪将尝试扫描它找到的片段,并在导入的图上以绿色突出显示它们。忽略绿色的东西。相反,单击顶部只显示坐标轴的图标(原点和两端用红叉标记)。将鼠标移到原点并单击该点。您将得到一个询问坐标的对话框。输入图中给出的坐标。 Do the same thing of the other two limits of the axes. If the axes are OK then you will get a message saying so. The software corrects for any distortion in the axes at this stage. Then take the mouse to the icon that shows a pair of axes and a blue line connecting two black crosses. Click on that. You are now ready to digitize the curves from your image. Select the points of interest on the curves and a straight line connecting the points will be drawn for you. Once one curve is complete you can click on the Settings->Curves menu and add a曲线到列表。接下来选择新曲线,它将在你之前选择的图标旁边的图标默认称为“曲线2”。数字化这条曲线的点,必要时重复。在保存数据之前,单击Settings->Export Setup。在打开的对话框中,选择原始的X和Y每条线上有一条曲线空间没有一个并按好吧.选择“File->Export”,并命名数据文件。我通常称这些文件为。dat。

  • 检查图

    我通常需要做的下一步是检查一切是否正常。我在Matlab中绘制数据。在这个阶段,我也有一些模型预测,我想与实验数据进行比较。我在Matlab中将预测值绘制在同一图上。然后,根据绘图是用于我自己的目的还是用于期刊论文,我使用“print -depsc SomePlot”将其保存为彩色EPS文件或黑白EPS文件。或“print -deps SomePlot.eps”。

  • 编辑块

    我通常会注意确保我在Matlab中使用的行宽和字体在减小尺寸时是可读的。即使在这种情况下,也有一些额外的信息需要添加到绘图中,或者需要增加一些行宽和字体大小。我需要能够编辑我的EPS文件。

    我使用pstoedit通过Matlab生成的EPS图形转换成XFig使用命令“pstoedit -f xfig .eps .fig”进行格式化。然后编辑XFig文件并添加箭头和其他类似的东西。然后我将图保存为EPS,必要时使用epstopdf将其转换为PDF。最终的结果通常看起来比我单独用Matlab生成的图要好得多。

  • 将PDF文件连接在一起

    有时我还需要将这些PDF图形连接在一起(不使用pdflatex创建LaTeX文档)。我通过使用下面的指针来实现斯科特·奈斯比特-用GhostScript的方式。
    - dBATCH - dnopause -q - sdevice =pdfwrite - soutputfile =joinedFile.pdf figure1.pdf figure2.pdf

评论

vh的照片

Biswajit,

对于windows用户,有一个免费的软件叫做WINDIG它可以用来数字化绘图。我用的是ubuntu,它附带了一个名为g3data的数字化软件。

V. Hegadekatte,德国卡尔斯鲁厄大学

摩加迪莱·古拉詹的照片

亲爱的Biswajit,

如果你安装了LaTeX(我确信你安装了),下面的命令也可以用于连接pdf文件:

Texexec -pdfarrange -result out.pdf in1.pdf in2.pdf in3.pdf…

这里有更多关于操作PDF文件(在GNU/Linux操作系统)。

Mark T Fondrk的照片

谢谢你的建议。我也喜欢Matlab,但是GNU Octave是免费的。至于制作情节,我最喜欢的是Gnuplot。Linux用户可能两者都有,Windows用户可以作为cygwin包的一部分免费获得两者。

马克

谢谢你的建议。我来试试。请张贴其他提示和节省时间的技巧,你可能知道(数字)。

Rant:当我在论文中看到光栅图像时,我简直要疯了,而矢量图像却很容易创建。自20世纪80年代末以来,期刊论文的数据质量似乎有所下降。过去有专业的绘图员来画人物。他们花了相当多的时间画情节和其他人物。现在大多数这样的绘图员都失业了,最终版本的数字是由一篇论文的作者绘制的。结果往往是业余的,在某些情况下是无法解读的(例如,参见APS冲击压缩会议的会议记录)。在我审阅过的最近五篇论文中,有三篇的数字用黑白印刷时难以辨认。我们需要把专业人士带回来:)

Arun K. Subramaniyan的照片

Biswajit,

由于您使用matlab来绘制数字化数据,因此您可能喜欢使用用matlab编写的数字化仪。前一段时间我用matlab编写了一个简单的数字化仪。它不像engage那么复杂,但可以完成工作。一定要看一看链接),看看是否有用。

阿伦

先生们:希望你们能帮上忙。我需要一个免费的软件,将

扫描并数字化BMP或JPG光谱配置文件,并给我(导出)一个。dat文件。我试过Peak Explorer,但发现这是一个错误的软件——只支持。dat数字输入。我试过很多次Windig,但都不能让它工作-它非常麻烦,我不能遵循说明。你能给我推荐一些简单易行的东西吗?

我需要这个,因为大多数谱库只提供bmp配置文件,所以我需要采取配置文件并转换为。dat,我的处理软件Vspec将打开并给出图像。非常感谢任何帮助。

杰里

你可能会发现达格拉对数字化图在Windows上。它使用贝塞尔曲线,所以你可以跟踪相当复杂的数据,而不必点击每一个点。非常快。这里有一个试用版:http://www.blueleafsoftware.com/Products/Dagra/

保罗。

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