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关于MD的辛守恒的几个问题

滕章的照片

MD方法被广泛应用于各个领域。然而,我们都知道,时间尺度和长度尺度的限制以及高频分子振动引起的刚度问题仍然是亟待解决的重要和困难问题。而辛守恒的特性对于数值方法是很重要的。我发现只有很少的文献讨论了这个问题,除了后来证明了经典的leap-frog Verlet算法的辛守恒特性外,很少有新的辛方法被广泛采用。

作为同事,我有几个问题:

医学发展的关键问题是什么?

是否由于时间尺度限制太短,耗散效应仍然不明显,辛守恒仍然没有得到足够的重视?

辛算法能否在MD的发展中发挥重要作用?

我对这一带不熟悉,如有不妥之处,请指出来。

致以最亲切的问候

腾张

评论

由于哈密顿流是可逆和辛的,人们应该致力于设计可逆和辛的算法。可逆或辛算法表现出优越的长时间守恒性质(哈密顿量和其他绝热不变量的误差在指数级更长的时间间隔上有界)。因此,这些是首选的,并被普遍使用(在几乎所有的MD代码中)。经典的跳跃蛙(或Verlet)算法是二阶的,辛的,可逆的,简单的!该算法是显式的,可以表述为一个算子分裂类型的算法(参见名称几何积分器和Suzuki-Trotter展开),这是设计辛方案和可逆方案的最佳方法之一。然而,使用比传统Verlet方案更多的操作符分割并不会给您带来多少好处。事实上,它具有与Verlet操作相同的计算复杂度,尽管方法的顺序增加了。但是,现在您的算法比简单的Verlet更复杂。此外,一旦你拥有至少二阶精度(可逆和辛,如Verlet)算法,精度(“由阶数决定”)就不那么重要了,因为MD方程本质上是混沌的,我们只对MD中由集成平均值决定的热力学或动力学性质感兴趣。另一方面,算法的稳定性更重要,因为它决定了你的步长。
说到这里,可逆和辛的多重时间步进格式也是常用的。这些算法将力场划分为慢场和快场,以便用略大的步长加速MD计算。然而,这些算法的辛性引入了一定的参数共振效应,这限制了即使是这些算法所能采取的最大步长。无论如何,我希望我已经提供了合理的信息,让你挖掘更多。但是,底线是辛格式和可逆格式最常用来积分MD方程。关于这个话题有大量的文献。

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亲爱的Phani:

非常感谢您对MD的辛性和可逆性的总结。从中我学到了很多。我是一名力学专业的大三研究生,没有这方面的背景,当我看到很多关于这方面的文献,但是主要的算法还是经典的,不知道现在流行的算法是不是辛守恒的时候,我很困惑。多亏了Phani的消息,我突然豁然开朗了。

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