回顾:蛋白质正态分析的粗粒度模型

预印本提供了用于正态分析的蛋白质结构粗粒度建模的当前最先进状态的总结和/或回顾。本文综述了拟调和分析、Go模型、弹性网络模型以及最近提出的粗粒度蛋白质结构模型。

摘要

理解蛋白质的机制是很重要的先天的这是了解蛋白质生物学功能的必要条件，因为大多数蛋白质都是通过被称为构象变化的结构变形来实现其功能的。这种构象变化已经通过原子模拟来计算，尽管大蛋白质结构的力学是无法通过原子模拟来计算的，例如分子动力学模拟。近十年来，蛋白质结构的粗粒度建模的正态模式分析已经成为理解大蛋白质力学的原子模拟的计算替代方案。在这篇综述中，我们描述了目前用于正态分析的蛋白质粗粒度建模技术的现状。具体来说，对Go模型、弹性网络模型等粗粒度模型以及最近发展的粗粒度弹性网络模型进行了总结和讨论，以帮助理解大蛋白质力学。