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杂志俱乐部2010年9月:建模的细胞膜力学

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本构关系,二维与三维。建模细胞膜的起点是二维空间中的本构关系。重要的是直接在二维中建立相应的方程,而不是像在壳层理论中那样,将它们视为三维关系的渐近极限。直接二维关系的主要原因是三维连续介质方法不适用于厚度仅为单个分子尺寸数量级的膜。

固体膜。红细胞膜。一些细胞膜(例如,红血细胞或耳蜗外毛细胞的膜),其中质膜附着在下面的二维细胞骨架上,可以视为弹性或粘弹性固体。红细胞膜的模型可以被认为是细胞膜分析的金标准,它是基于非线性粘弹性关系,包括弯曲模式。非线性对于描述细胞通过狭窄毛细血管挤压过程中的大变形至关重要,而弯曲成分对于血液流动中细胞形状的建模至关重要。红细胞本构关系及其早期开发的计算实现在今天有广泛的应用。一个重要的应用(回顾,Pozrikidis[1])是模拟细胞运动通过血液流动,包括红细胞之间的相互作用在rouleau。另一个应用是疾病中红细胞的建模。作为一个重要的例子,已经证明在疟疾中力学性质发生了显著变化。苏雷什等人[2]演示了红细胞剪切模量,细胞膜力学的主要参数,如何随着不同阶段的恶性疟原虫寄生虫在细胞内成熟。

液状物膜。膜束缚。纯质膜是一种特殊的流体,其主要性质是张力和弯曲性。从一般连续介质力学的角度出发,证明了液膜的应变能泛函是由曲率和局部面积变化决定的。在许多情况下,液体膜被认为是完全不可拉伸的,并通过拉格朗日乘子引入面积保持条件。1973年,Herfrich提出了一种广泛应用的能量泛函,其形式是膜变形后的曲率和膜原始(自发)曲率的函数。在轴对称情况下,该泛函的欧拉-拉格朗日方程可以以非线性4阶ODE的形式明确导出,并通过使用渐近和有限差分方法求解(例如,Derenyi et al.[3])。另外,有限元方法可以直接应用于弯曲能量泛函的最小化。膜系(窄管)是液体膜中一种有趣而普遍的现象。这种系带可以自然形成,用于细胞与细胞之间的通信或减缓移动细胞(如白细胞)的速度。拉膜绳也是探测膜局部特性的一种有效方法。为了模拟这种膜现象,已经做了大量的工作。 An approach based on the thermodynamic balance of a tether system was previously applied to estimate the membrane bending modulus, membrane-cytoskeleton adhesion energy, and tension. The details of shape of a narrow tether are often unavailable in light microscopy. One approach to resolve this problem is to combine the tether pulling experiment with micropipette aspiration of the membrane on the opposite side of the cell and to compute the radius of the tether based on the length of the aspirated part of the membrane inside the pipette. This approach was successfully applied to the estimation of the membrane-cytoskeleton adhesion and membrane tension in red blood cells. Alternatively, membrane shape in the whole tether region can be computed from the analysis of the equilibrium state or steady state deformation of the tether (Derenyi et al. [3]). Such an approach was recently extended to model tether shape in different cells, taking into account particular arrangement of bonds between the membrane and the cellular cytoskeleton.

膜中的机电耦合。机电耦合在生物膜中自然发生,因为它们拥有并被电荷系统所包围。这种耦合的一种模式双向地将膜曲率与外加电场联系起来。这种膜现象的物理模型称为弯曲电,将膜曲率和电场之间的耦合与双分子层相关的电荷的重新分配(Harland el al.[4])。细胞膜中另一种机电耦合模式与最近发现的膜蛋白prestin有关。含有这种蛋白质的膜(细胞)在响应跨膜电场的应用时表现出尺寸变化,这种现象被称为电动力。类似于压电材料,这些膜产生(转移)电荷响应膜(单元)变形。最初,在耳蜗外毛细胞中发现了prestin,并表明这种蛋白质对哺乳动物耳朵的扩增和频率选择性至关重要。最近,一些原本不运动的细胞,如人类胚胎肾细胞,被转染prestin,以便在电运动研究中使用遗传操作。用机械线性(小变形)和电气非线性(饱和电荷)的类压电本构关系可以对含有prestin的膜进行建模。普莱斯汀可能是已知的速度最快的蛋白质,而使用普莱斯汀的膜模型的主要挑战之一是它们适用于细胞性能的高频区域(高达数十kHz)(回顾,Spector et al.[5])。

参考文献

[1] Pozrikidis, C. (Ed)胶囊和生物细胞的计算流体力学。Taylor&Francis, 2010年。

[2]苏雷什,斯帕茨,J.,米尔斯,A., Dao M., Lim C.T, Beil M., Seufferlein, T.单细胞生物力学与人类疾病状态的关系:胃肠道癌症和疟疾,生物学报。, 1,15, 2005。

[3] Derenyi, I., Julicher, F., and Prost, J.膜管的形成和相互作用,物理。Rev. Letts, 88, 238101, 2002

[4] Harland, B., Brownell, w.e., Spector, a.a.,和Sun, S.X.脂质双分子层中的电压诱导弯曲和机电耦合,物理。Rev. E., 81, Art. 031907, 2010。

[5] Spector, a.a., Deo, N., Grosh, K., Ratnanather, j.t.,和Raphael, R.M.外毛细胞复合膜的机电模型,J. Membr。医学杂志。, 209, 135, 2006。

评论

李晓东的照片

感谢你们主办这个主题。似乎建模需要一些关键的参数。我想知道从实验中应该得到哪些参数(例如力学性能)。如果我们能绘制出细胞膜上的局部微应变,可能会有所帮助。我正在考虑使用数字图像相关性来得到这个。感谢您的评论和建议。

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亲爱的小东,

谢谢你对这个话题的兴趣和刺激的问题。类固体弹性各向同性膜的主要力学参数是剪切模量、面积模量和弯曲模量。请注意,这些参数是传统3-D模块的2-D版本,并且分别具有力/长度、力/长度和力x长度的单位。类液膜的主要力学参数是弯曲模量和张力。就细胞膜而言,黏附能的密度是质膜与底层细胞骨架相互作用的关键参数。有许多常用的技术来提取这些参数,包括微量吸管吸入和绳拉。在膜应变的测量方面,我想指出的是,膜位移可以非常小(在nm的量级上)。作为一个例子,我想提到我们最近的论文舒马赫等人。(理论物理。Rev. E., 80,041905, 2009),我们计算了沿细胞膜的位移和应变。希望我的回答能带来一些额外的启发。

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嗨,亚历山大,不错的主题,相关的话题。我对细菌膜的力学很感兴趣。你知道这方面的教科书或评论文章吗?我对作为底层结构函数的本构关系特别感兴趣。

欢呼,帕特里克

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Partick,

谢谢你提了这么刺激的问题。原子力显微镜似乎是研究细菌膜力学特性的常用技术。在这方面,我想提到两篇具有代表性的论文:V. Vadillo-Rodriguez et al.,用原子力显微镜测量单个革兰氏阴性细菌细胞表面粘弹性, J.细菌学杂志,190 (12),2008;细菌膨胀压力可以用原子力测量显微镜、phy。修订版E, 62(1), 2000。第一篇论文基于标准线性固体模型对其实验进行了解释。第二篇论文使用了我在原始评论中讨论过的与弯曲相关的自由能(见类液膜部分)。

亚历克斯。

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亲爱的斯派特教授:

我很高兴你开始了这个新话题,因为我对脂质双分子层薄膜建模非常感兴趣,这是我在博士期间学习的。我想让你们注意一下我们的工作,即从脂质双分子层的平面内化学力学行为的非常简单的测量中相干地推导出弯曲/非局部模量:生物膜新自由能的推导。热力工程学报。20(5)2008 255-273。我们认为,这种膜的一致能量密度的确定可以通过一种关于厚度的父3D能量的渐近展开来提供,考虑范围从描述类液体行为的对称性要求到对单一脂质运动学的假设。

结果是相当令人鼓舞的,因为这建立了弯曲(平均和高斯)模量,表面张力和化学成分之间的精确关系。

无论如何,我希望很快就能看到这个话题的一些更新!

愿一切都好!

朱塞佩Zurlo

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亲爱的朱,

感谢您让我们的讨论保持活跃,并指出您和您的同事关于生物膜的自由能的有趣论文。本文提出了一个基本问题,证明了膜模型推导的渐近三维方法。另一个重点是如何处理膜的低拉伸性:是三维体积保持还是二维面积保持?此外,如果是后一种情况,在计算模型中提供它的最有效方法是什么?这些问题在9月份开始讨论的原始帖子中已经讨论过,但我利用这个机会重申它们与这篇有趣的论文有关。

令人印象深刻的是,你们能够根据膜组分的相互作用推导出模型模。在这方面,学习如何模拟胆固醇对双分子层以及膜蛋白的影响是特别有趣的。从医学的角度来看,这显然是重要的,许多小组已经收集了胆固醇浓度对膜/膜蛋白特性影响的数据。作为一个例子,我想提一下论文膜胆固醇调节外毛细胞运动作者:Rajagopalan等人。化学,282, 2007, 36659-36670)。

亚历克斯。

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亲爱的斯派特教授:

你在这个问题上提出了一个有趣的观点:脂质双分子层是不可压缩的薄壳还是保持面积的表面?这一点在流体膜的建模中起着普遍存在的常见问题的作用。

我们在guv模型化方面的立场是脂膜不能被视为流体表面在这个词的真正意义上,而不是一个非常薄的物体,其厚度通常是guv直径的数百倍。这一观点表明,膜能随厚度的增大而增大,不同厚度幂的各因子都起着精确的力学作用。我们的想法是,较低厚度幂的因子在整体膜响应中起着相关的作用,而较高厚度幂的因子起着某种“细化”作用。

关于膜的可压缩性,大量的实验文献表明,脂膜的体积可压缩性不是零,但实际上脂膜的体积可压缩性非常小,以至于在膜的各种变形过程中,甚至在剧烈的有序-无序转变过程中,脂膜的体积可压缩性可以忽略不计(例如Goldstein & Leibler, ph . rev .;a40 (2) 1989)

由于分子体积是相当恒定的,因此在膜变形过程中,头基面积与双分子层厚度的乘积应该是恒定的,这意味着脂质膜不能被认为是一个保持面积的表面。如果膜是面积守恒的,那么膜的厚度也应该是恒定的,这就不可能描述(例如)膜变薄,而且随着温度的升高,膜从变薄(无序)状态转变为变厚(有序)状态。此外,没有必要假设它的平面内刚性:表面张力是由渗透压弹性决定的:我们已经根据有关化学成分的信息在有序和无序状态下计算了我们称为“非局部”模。根据实验测量来讨论这些结果将是很有趣的。据您所知,是否有收集到的关于不同成分的膜拉伸性能和弯曲模量的详细数据?谢谢你的文章,你指出我们的注意,这可能是真正有用的方向!我会仔细阅读的!!

这是一个很棒的博客!谢谢你的分享!: D

谨上,

朱塞佩Zurlo

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亲爱的朱,

感谢您对这个话题的持续关注。

显然,真正的膜是三维物体。然而,它们非常薄,主要问题是如何将本构关系简化为有效的二维关系。你所讨论的方法是基于膜自由能的幂展开式相对于膜的无因次厚度。在这种情况下,有两个问题需要解决。首先,质膜(脂质双分子层)是两个分子厚,在这种情况下,连续描述可能是一个问题。其次,即使我们试图将自由能表示为t膜厚度的连续函数,它也可能是一个非常不均匀的函数,以反映各种典型区域(磷脂头、尾等)以及两个双层的不对称性等。因此,它的扩展可能相当不平凡。

你在评论中讨论的另一点是体积不可压缩性和面积不可压缩性。膜区域可压缩性(可拉伸性)的水平由脂质分子的相互作用决定。质膜通常具有较低的可拉伸性:在破裂之前,它们可以承受2-3%的局部变化。将膜的这一特性引入二维本构关系的方法有:1)膜具有轻微的可拉伸性,并将其描述为与局部面积变化二次相关的自由能项;2)膜面积变化以典型张力为特征,并以与膜面积线性相关的项进入自由能,3)假设膜是完全不可触及的,这一条件被认为是能量最小化中的约束条件,相应的张力以拉格朗日乘子的形式出现。这些只是最常见的假设。

最后,你提出了一个非常有趣和刺激的问题关于膜模量是如何依赖于膜组成的。在弯曲模量方面,其范围在10kT ~ 100kT之间。这方面的相关参考文献是D. Cuvelier等人的论文《膜系绳的聚结:实验、理论和应用》。J., 88, 2005, 2714-2726)。另一个(不容忽视的)问题是不同细胞间的膜模是如何变化的。我们回顾了K. Schumacher等人的论文《耳蜗外毛细胞牵引绳的力学建模》中的一些数据。生物力学工程专业。舒马赫(K. Schumacher)等人在细胞中探测浆膜-细胞骨架相互作用的绳拉实验的计算分析(物理评论E, 80,2009,第041905条)。

最好的问候,

亚历克斯。

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